Niezależnie od tego czy istnieje obowiązek uzyskania zezwolenia na usunięcie drzew lub krzewów, jeśli w zasięgu oddziaływania prac związanych z wycinką stwierdzono bytowanie gatunków chronionych wymienionych w aktualnie obowiązujących rozporządzeniach ministra środowiska z:
- 9 października 2014 r. w sprawie ochrony gatunkowej roślin (Dz. U. z 2014 r., poz. 1409);
- 9 października 2014 r. w sprawie ochrony gatunkowej grzybów (Dz. U. z 2014 r., poz. 1408);
- 16 grudnia 2016 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt (Dz. U. z 2016 r., poz. 2183)
podmiot wykonujący prace związane z wycinką drzew lub krzewów jest zobowiązany do przestrzegania zakazów obowiązujących w stosunku do wszystkich gatunków chronionych, wymienionych w rozporządzeniach.
Gatunki chronione związane z zadrzewieniami i zakrzewieniami to w szczególności ptaki, nietoperze, chrząszcze oraz porosty.
Okres pomiędzy 1 marca a 15 października to okres lęgowy ptaków.
Jeżeli wykonanie prac związanych z wycinką drzew lub krzewów nie jest możliwe bez naruszenia zakazów obowiązujących w stosunku do gatunków chronionych, należy przed przystąpieniem do wycinki uzyskać zezwolenie na odstępstwa od zakazów obowiązujących w stosunku do danego gatunku odpowiednio od regionalnego dyrektora ochrony środowiska, Generalnego Dyrektora Ochrony Środowiska (w zależności od gatunku i rodzaju planowanych czynności) lub Ministra Środowiska na terenie parków narodowych.